Часто при установке бесплатного сертификата на сайт программой certbot в BitrixVM встречается проблема с занятым 80-м портом. Из-за чего сертификат установить не удается. Для того, чтобы выяснить чем занят 80 порт (обычно это nginx) введите в терминале команду:
sudo ss -tulpen | grep :80